1.新生兒沙眼衣原體眼炎
出生<30d的新生兒結膜炎應考慮沙眼衣原體感染，如果母親有沙眼衣原體感染史更提示新生兒眼炎由沙眼衣原體感染引起。盡管紅霉素眼膏預防新生兒沙眼衣原體眼炎的療效尚不清楚，但可有效預防NG眼炎的發生，應當使用。
診斷：診斷沙眼衣原體眼炎的敏感方法包括培養和非培養測試〔例如直接免疫熒光法(DFA)，酶聯免疫法(EIA)和NAATs〕。標本必須包含結合膜細胞，而不僅僅是分泌物。診斷為沙眼衣原體感染不僅要治療新生兒，也提示需要治療患兒母親和其性伴。標本需同時檢測沙眼衣原體和NG。DFA是FDA批準的一項用于結膜拭子標本沙眼衣原體感染的非培養測試方法。
推薦方案：紅霉素堿或琥乙紅霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。
替代方案：阿奇霉素混懸劑20mg·kg-1·d-1，口服，1次/d，共3d。不主張單獨局部采用抗生素治療沙眼衣原體眼炎。應用全身治療者不需要再局部用藥。 隨診：紅霉素有效率約80%，可能需要第2個療程治療。有報道稱，以紅霉素治療周齡<6周的嬰兒，口服紅霉素與嬰兒肥大性幽門狹窄(IHPS)的發生有相關性。應對用紅霉素治療的嬰兒進行隨診，觀察有無IHPS的癥狀和體征。尚無證據表明阿奇霉素治療新生兒眼炎的療效，因此需隨診以確定療效。同時也需要考慮沙眼衣原體肺炎可能。
管理母親和其性伴：對沙眼衣原體感染新生兒的母親和其性伴也應該給予評價。
2.新生兒沙眼衣原體肺炎
新生兒沙眼衣原體肺炎通常發生在1～3個月嬰幼兒，是一種亞急性肺炎。對年齡在1～3個月所有懷疑有肺炎的嬰幼兒進行沙眼衣原體檢測。新生兒沙眼衣原體肺炎主要表現包括：(1)重復發生的短促咳嗽和呼吸促迫；(2)X線檢查顯示肺充氣過度和彌漫性浸潤。血嗜酸粒細胞增多(≥400個細胞/mm3)。患兒氣促罕見，通常無典型發熱。
診斷：從鼻咽部采集標本檢測沙眼衣原體。培養法是診斷沙眼衣原體肺炎的金標準。非培養法診斷鼻咽部沙眼衣原體感染的靈敏度低于眼部沙眼衣原體感染。美國FDA僅批準DFA測試用于鼻咽部沙眼衣原體感染，但其靈敏度及特異度均較培養法低。如果采集到氣管吸出物或肺活檢標本，均應檢測沙眼衣原體。
推薦方案：紅霉素堿或琥乙紅霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。
替代方案：阿奇霉素20mg·kg-1·d-1，1次/d，共3d。
隨診：紅霉素有效率約80%，可能需要第2個療程治療。推薦對新生兒隨診以確定肺炎是否治愈，一些沙眼衣原體肺炎患兒在兒童期可能出現肺功能異常。 管理母親和其性伴：對沙眼衣原體感染患兒的母親和其性伴也應該給予評價和按推薦的方案治療。
沙眼衣原體感染母親分娩的新生兒：未治療的沙眼衣原體感染母親其新生兒有感染沙眼衣原體的高危因素，但并不推薦對這些新生兒應用抗生素預防，應嚴密監測和在癥狀發展時治療。
3.兒童沙眼衣原體感染
圍生期沙眼衣原體感染鼻咽部、泌尿生殖器官和直腸后，感染可持續2～3年。對性虐待兒童也應考慮沙眼衣原體感染的可能。
診斷：NAATs可用于女童陰道和尿液標本檢測，但不推薦用于男童和性器官以外的部位(直腸和口咽)。培養法仍是檢測男童和性器官以外的部位(直腸和口咽)沙眼衣原體感染的首選方法。不推薦使用非培養法，如DFA用于兒童沙眼衣原體感染的診斷。
推薦方案：患兒體質量<45kg：紅霉素堿或琥乙紅霉素50mg·kg-1·d-1，分4次口服，共14d。有關阿奇霉素治療體質量<45kg的沙眼衣原體感染患兒的療效及最佳劑量的研究資料有限。患兒體質量≥45kg，年齡<8歲：阿奇霉素1g，單次頓服。患兒體質量≥45kg，年齡≥8歲：阿奇霉素1g，單次頓服或多西環素100mg，口服，2次/d，共7d。
隨診：必須在治療2周后通過培養法確定療效。
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